Si potrebbe dire che stiamo entrando nel 'vivo del dente'. Siamo alla cura dei canali interni alle radici, dove normalmente sono contenuti i nervi, le vene e le arterie (la polpa dentaria). Un trattamento endodontico è costituito essenzialmente da due fasi:
Negli ultimi due casi può essere presente un granuloma, cioè tessuto infiammatorio attorno all' apica della radice, o addirittura una cisti, cioè una raccolta di siero o di pus o di tessuto flogistico infetto: una terapia endodontica corretta è in grado qualche volta di far guarire entrambe queste lesioni. Quando la guarigione non avviene, si può ricorrere, nei denti anteriori, all' asportazione della punta della radice (apicectomia) e del tessuto infetto per via chirurgica.
Esistono inoltre casi in cui può essere necessario devitalizzare un dente per necessità ricostruttive di protesi o per una eccessiva sensibilità agli stimoli termici, (dolore al caldo e al freddo)